L’IRM est supérieure pour l’analyse des tissus mous et du système nerveux central. Elle nécessite une anesthésie plus longue (30 à 90 minutes). Elle est prioritairement choisie pour l’examen du cerveau, de zones ciblées de la moelle épinière et de certaines articulations comme le grasset.

Le scanner, plus rapide, est mieux adapté aux examens globaux comme les bilans d’extensions et les explorations thoraco-abdominales, et aux explorations des cavités nasosinusales, notamment lorsque l’animal doit être anesthésié le moins longtemps possible (animaux âgés, affaiblis, cancers avancés…) ou quand l’animal doit ensuite passer un examen endoscopique (rhinoscopie, bronchoscopie,…).

Le scanner est la référence pour les structures osseuses : traumatismes, lésions osseuses cancéreuses,… (l’IRM ne permet pas un examen qualitatif du squelette).